貴社では1年単位の変形労働時間制の労使協定を結んでいるのでしょうか?
1年単位の変形労働時間制であれば、ご質問の形態では割増賃金の支払いは必要ありません。
そうでなければ、週40時間を超えた分に対しては、別途割増賃金の支払いが必要です。
(給与に固定残業代が含まれているような場合で、
割増賃金がその範囲内に納まっている場合を除く)
1年単位の変形労働時間制については、以下のページを参照のこと。
【参考】
厚生労働省ホームページ内
1ヵ月又は1年単位の変形労働時間制
http://www2.mhlw.go.jp/topics/seido/kijunkyoku/week/970415-3.htm
あと、ご質問の内容からは外れますが、
1日10分×2回の休憩というのは、お昼休みのほかにということでしょうか?
8時間勤務の場合、最低でも1時間以上の休憩が必要ですので、
ほかに休憩がないようだと労働基準法違反になりますが・・・。
【参考】
労働基準法第34条(休憩)
使用者は、労働時間が6時間を超える場合においては少くとも45分、8時間を超える場合においては少くとも1時間の休憩時間を労働時間の途中に与えなければならない。