こんばんは。
労基法に定める年次有給休暇というのは、計画付与する場合を除き、あくまで従業員に利用するかどうかの権利があります。(労基法第39条4項「使用者は、前3項の規定による有給休暇を労働者の請求する時季に与えなければならない。」)
それを遅刻や早退という事実に対する懲罰として、会社側が勝手に減らすことは労基法に違反すると思います。
遅刻・早退3回以上の懲罰として、欠勤とする規定はありえますが、これにも考慮すべき点があります。
例えば、遅刻・早退が3回続いたことに対して、1日分の給与を減給することは、「ノーワーク・ノーペイ」の原則を超えて「減給の制裁」にあたります。
この場合、遅刻・早退した時間(不就労時間)の合計が4時間以上になる場合には、1日分(8時間分)の賃金をカットすることは差し支えありません。
しかし、3回分の不就労時間の合計が30分などという場合に1日分の賃金控除を行うと、減給の制裁として4時間を超える時間分の賃金(平均賃金の1日分の半額を超える額に相当する賃金)が控除されることになりますので、労基法に定める「減給の制裁の制限(就業規則で労働者に対して減給の制裁を定める場合においては、その減給は、1回の額が平均賃金の1日分の半額を超え、総額が一賃金支払期における賃金の総額の10分の1を超えてはならない)」に抵触してしまいます。
しかし、だからといって、短時間の遅刻・早退に対しては制裁しない・・・というのでは、やはり社内の風紀が乱れますので、懲罰規定は必要だと思います。
たとえば、
(1)遅刻又は早退が3回以上になった時は、精皆勤手当を支給しない
(2)遅刻又は早退した時間は不就労とみなし、賃金を控除する
(3)遅刻又は早退が3回以上になった時は、1日分の平均賃金の半額を控除する
のような懲罰規定はいかがですか?
これならば、減給の制裁の制限に抵触したりという問題になることは少ないと思います。
ご参考になる点がありましたら幸いです。