日本とアメリカの所得税

日本の企業から内定をもらいこの度日本に帰国します。今まで一度も日本で働いたことが無く、アメリカでしか税金を納めた事しかありません。日本のパスボートとアメリカの永住権を持っています。　内定の内容は日本の本社とアメリカの姉妹社から半分ずつ給与を渡すとの事です。日本人なので日本での給与からは税金が自動的に引かれてしまうと思います。日本に帰国してもアメリカ永住権を保持するためアメリカで税金を収めようと思っています。その場合どの日本の税金をアメリカに申告すればいいのですか？　

もし日本に完全帰国しアメリカの永住権を放棄した場合、今までアメリカで払ってきた税金は日本で認められるのですか？