仕入の請求書がないためどうしたらよいでしょうか？

それは単純に、支払った先に問い合わせて、請求書を再発行（請求書の控えなど）してもらうのが良いのではないでしょうか？

例えば
「前任者からの引継ぎに漏れがあったようで、○月○日にお支払した分の御社からの請求書が見当たらず困っております。
お手数おかけしますが、そちらにあります請求書の控えなどございましたら送っていただけますか？」
というように。
これが１番ですよ。