額面で株式を買い取ると税金がかかるのですか？

私の経験ですが・・・

私の会社も取引先からの要請で、買いたくもないのにある個人が所有している別会社の株を購入しました。こちらから出した条件が額面でなら買ってもいいということで、先方が了解したため評価額の約半額（約100万円）で購入しました。

２年ぐらいしてから税務署が調査と称してこの時のいきさつを訊きにきました。そのときの税務署の言い分が、評価額と実際の購入額の差は法人にとっては利益と認定される。本来200万円で購入すべきものを半分の100万円で購入したのだから差額の100万円を利益として計上すべき、というものでした。

個人と個人の取引では税務署は関与しない。法人はダメ、ということでした。また逆に安く売った方は損をしたことになるのですがこれは損害があったとは認めない、あくまでも安く買った法人のみ課税するということでした。

この時はこちらの言い分として、買いたくて買ったのではない、取引上やむなく購入した。転売して儲けようという意図はない。また他に売れるような銘柄でもない。ということで押し切りました。他にもいろいろ複雑な理由があったのですが間に税理士さんが入ってくれたので何とか切り抜けましたが、そうでなければ押し切られていたかもしれません。

このことがあって、税務署の考え方がわかりました。ご質問の件も差額を贈与とみるか利益とみるかの違いはありますが、税務署から調査が入る覚悟はしておいた方がよろしいかと思います。

以上、ご参考まで。

経験からのアドバイスを頂き、ありがとうございました。
税務署に対してこちらの言い分をきちんと主張することも大事なことだと感じました。
いずれにしろ、税理士事務所等に相談して対応を検討したいと思います。