法定調書の区分に苦戦

文面から察するに、「法定調書」と「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」の提出範囲を混同されていると思われます。

「法定調書」には５０万円ジャストであろうが無かろうが記載する必要があります。
その際、税務署に添付して提出する「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」についてですが、５０万円ジャストだから提出する必要があると判断した根拠が見えません。

「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書提出範囲」において、「社会保険診療報酬支払基金が支払う診療報酬」として判断されたのでしょうか。
「社会保険診療報酬支払基金法」で検索してみると、当該案件とは異なると考えられますし、５０万円ジャストであれば「５０万円を超えるもの」に該当しません。

「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書提出範囲」を見ると、該当するのは、⑴から⑹以外の報酬、料金等と思われ、「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」提出は支払金額が５万円を超えるものとなっております。

「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」の「記入すべき事項」の「区分」「細目」を確認すると、
区分：契約金
細目：該当無し（空欄）
になるのではないかと思います。

国税庁ＵＲＬ
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/hotei/tebiki2011/pdf/h23kyuyogensen_all.pdf


「法定調書の区分に苦戦」の同じ質問が３つ立っています。
リソースの無駄になりますので、他の２つは削除された方がよろしいかと思います。