退職者の給料

過去に欠勤していた分を振替出勤してもらったが、退職時点で欠勤していた分がまだ残っているので、その分を減額して支給したい、とのことでよろしいでしょうか。

労働基準法では欠勤控除に関する規定の記述はなかったと思います。

tarou69さんの会社の就業規則や給与規程に寄るところとなるかと思いますが、
欠勤＝減額
ではなく
欠勤＝振替出勤
となっているのでしょうか。

欠勤による労働の提供がなされていないのですから、通常は減額処理となると思うのですが、なにも規程されていないのであれば、退職者との話し合いになる可能性もありそうです。

もう１点。
月末退職の場合、本人負担分の社会保険料の精算も考慮しておく必要があるかと思います。