通勤手段の届け出

問題になる点は、通勤時交通事故、通勤経路での身体障害など発生した時の労災認定にかかる点でしょう。
通常の経路で生じた場合には労災として申請為すか否かでしょう。
基本は、就業規則、通勤手当支給に関する規則、申請書等で確認することが必要と考えます。
お話の社有車使用に関しては、原則直行直帰等との考えますから、基本は社有車使用規則、直行直帰申請に案する規則等で設定することが賢明でしょう。
お話から拝見しますと、社有車使用に関する規則の他、使用記録簿等のチェックも必要かと思います。
最終的には諸経費等の確認、ガソリン代、事故発生時の自動車保険等、年間支払われる費用負担確認等も必要でしょう。