労働保険の更新について

3月支給給与　→　3月の所定内　＋　2月の超過分
4月支給給与　→　4月の所定内　＋　3月の超過分

ということかと思います。

であれば、所定内の支給月を基準に計算する方法で構わないとされています。
23年4月支給給与に含まれている3月の超過分を23年4月支給額から抜く必要はありませんし、24年4月支給給与に含まれている3月の超過分を抜き出して24年3月支給給与額に加算する必要もありません。
単純に、23年4月支給額～24年3月支給額を積算すればＯＫです。