本籍地について

マル扶の用紙に記入する住所は現在住まれているところの住所です。
住所変更をされた方がいいでしょう。
社会保険は事業所が強制適用所となっていますから、問題ありませんが税金関係や運転免許証は変更されるべきです。

一般の人にはわかりずらいかもしれませんが、戸籍というのは人の身分関係を記録・表示するものであり(戸籍法）、
住民票は人の居住・世帯関係を記録・表示するものです
(住民基本台帳法)。

　税金あるいは社会保険関係で本籍(戸籍）は基本的に関係ありません。

　通常の社会保険の手続きで戸籍が問題になることはまずありません。
確認するとすれば、住民票の記載住所に本人の生活の拠点があるかどうかです。