年末調整時に税区分を変更した方の処理について

> 年末調整の処理をしている者です。
> 私はパートの年末調整を担当しておりますが、税区分を甲→乙に年度途中で変更した方の処理方法が分からず、困っています。
> 入社時（5月）に税区分「甲」として申告をし、年末調整の必要書類を渡したあと、入社時から「乙」であったと申告を変更してきた方が数名おります。
> 本来「乙」ですので相当な額の所得税を徴収するべき方達ばかりですが、24年の給与計算はすべて「甲」での処理となっているため、所得税の徴収が０円となっています。
> 年度末の「乙」申告により、非対象者となった彼らの源泉徴収票は、乙欄に印があるまま、所得税が0円という矛盾が生じている状況ですが、先輩に確認したところ、会社としてはこの対応で問題ないという返答がありました。
> 個人的には手計算をすべきなのではないかと思いましたが、どのように皆様は対処されているのでしょうか。
> また、この源泉徴収票を持って確定申告にいっても、税務署で支障が出ることはないのでしょうか。恐れ入りますが、どなたか対処方法をご教示下さい。
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> 宜しくお願い致します。
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こんばんわ。
まず入社時に「乙」該当かどうかの確認はされましたか。その確認後に申告書の記入があればその後の給与計算は「甲」該当と判断することになり甲欄控除で税額控除することになります。その後の最終確認で「乙」に変更になったとしても本人が「乙」として申告・・この場合扶養控除申告書そのものが不要ですが・・したのであれば税額0円で問題ありません。確定申告時に不足税額を納付するだけです。確定申告時の支障とはなにを想定されていますか。確定申告で不足は納付、多ければ還付となるだけです。扶養控除申告書が訂正されるまで扶養人数や甲欄控除、乙欄控除の変更をすることはできません。遡及控除することはできません。本人から問い合わせがあれば「乙欄適用であれば扶養控除申告書の提出は不要だったのですが申告書の提出があったので甲欄適用で計算しています。」と説明しましょう。
今後については新規採用者には「乙欄該当か甲欄該当か」を理解してもらったうえで扶養控除申告書を配布されたほうがいいでしょう。
とりあえず。