法人から誤って源泉徴収

正しい処理としては、税務署へ「源泉所得税及び復興特別所得税の誤納額還付請求書」の届出をして還付を受ける事になります。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2506.htm

給与の場合は、「源泉所得税及び復興特別所得税の誤納額充当届出書」によって翌月納付分で清算する事も可能ですが、ご質問の報酬・料金等は該当しません。

ただし、税務署に相談すると、その誤納付が小額であり、翌月も報酬・料金等の源泉所得税の納付があるならば、翌月分で清算して構わないですよと言われた記憶があります。
（特に書類の提出も求められませんでした。正規の手段ではなさそうですが、楽で助かりました）

一旦所轄の税務署に相談してはいかがでしょうか？

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> 数年前から取り引きのあるデザイナーの方が、事務所を立ち上げて法人化されました。
> 長年、個人として、源泉徴収税を差し引いて報酬を支払っていたので、うっかりして同じように処理し、源泉税の納付も済ませてしまいました。
>
> 還付請求は、支払元である当方がすれば、誤納分は還付してもらえるのでしょうか。
>
>

早速のご返信ありがとうございました。

少額ですので、ご回答のような処理をしてもらえると当方もとても助かります。
税務署に相談してみます。