改造途中に検収を求められています

下請法にかかわる、御社と受託者（商社）間の取引を規制するというなら、

・どの取引で（おそらく役務提供委託か修理委託）
・どの禁止行為にあたるのか

得心がゆくまで説明を受けましょう。意味不明の語彙を並べ立てて言いつくろうでしょうから、公取委サイトのパンフを印字しておき、該当の説明文がどれなのか指ささせましょう。

http://www.jftc.go.jp/houdou/panfu.html

ポイント解説下請法（親事業者向け）がおすすめです。

完了しているのに検収認めないのでなく、（請負者の責めで）未完だから、検収認めないのは、注文主の当然の行為です。

おまけ。取次ぎの商社が何あせっているのかわかりませんが、おそらく消費税問題で、工期設定から旧税率で請けたところ、請負者側有責遅延であっても新税率適用となり、新税率との差額が注文者に負わせた損害として、それをまぬがれたい一心なのだろうと、邪推してしまいます。

よすみ様へ、建設法務部と申します。
おおむね、いつかいり様が言われていること、「おまけ」を含めて、その通りと見ております。
そもそも論ですが、御社は、「設備の改造」を「業として」行っている（＝それで儲けて食っている）訳ではないと思いますから、この改造工事に関して、「下請法の規制を受けるや否や」という話になると、「御社は規制を受けない」のではないかと思います。
むしろ、下請法で引っかかるのは、件の商社の方ではないでしょうか？それで、焦って検収してほしい（つまりは商社の下請け業者に責められているから、金がほしい）と、泣きついてきたと見られますし、消費税増税の分についても、いつかいり様のいわれるような裏があるのではないでしょうか？
注文内容と納期に関して、納期遅れであれば、検収する義務はありません。従って、注文書等（約款なども含めて）に、特段のことが無ければ、「完成しなければ支払わない」で一蹴してもかまわないと思います。
なお、「建設業法」を持ち出してきた場合でも、御社は「建設業者」ではなく、「（建設工事の）注文者」ですから、建設業法の制約があったとしても、下請代金の支払いに関する部分まで適用されません。
ただ、いずれにせよ、理論武装しておくことは必要でしょう。