税務調査の実施前に修正点を見つけた場合

私は、「来たときに修正申告をした」方が良いと思います。
理由は以下の通りです。

①貴殿が見つけた消費税以外に指摘事項が出てくるかもしれないから。

②通常3年おきが多いが、5年経ってやっと来たということで、次回も遅い周期かもしれないから、
　先方の「ノルマ」的なものは、消費税の修正だけでは妥協しない可能性があるから。

③事前に修正申告したからといって、来なくなるとは限らないから。

④今回の調査によって、貴殿が消費税以外の部分は適正に処理されていれば、好評価になるし、逆に何か出てきて改善されたとすれば、それも次回の調査で好評価となるから。

おっしゃる通り税務調査は業務の邪魔ですが、彼らも仕事で、御社だけではないので、ここは華を持たせてあげるのが、得策ではないでしょうか（苦笑　ではでは～

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ひとり親方さんとの取引は、労働者の労賃としての支払いだったからでしょうか？

個人事業主への下請け代金支払いは、消費税免税事業者でも、売上から仕入税額控除した残りを、国に納めることを免除されてるだけでして、質問者さんから見て課税仕入れ処理して大丈夫です。下記タックスアンサーをごらんください。

http://www.nta.go.jp/taxanswer/shohi/6455.htm

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みなさま
ありがとうございます！

いつかいり様が書いてくださったのが、大変近いです。
参考になりました！