年末調整

> 去年の年末に転職で入社して今年の1月から給与所得を乙欄で多めに払っており、来年からそれが甲欄にかわるのですが、この場合今年の１～12月に払っている所得税の差額は還付金でもどってくるのでしょうか？
> だいたい給料が17万なので毎月1万7百円ぐらいの所得税をひかれており、来年からは扶養が1人はいった所得税になります。

乙欄の方は、会社で年末調整を受けることはできません。

http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/gensen/nencho2014/pdf/07-08.pdf
HP抜粋
＜年末調整の対象とならない人＞
⑶　（前略）、年末調整を行うときまでに「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出していない人（月額表又は日額表の乙欄適用者）

どのような理由で、乙欄適用になっているかわかりませんが、今年の年末調整までに、今年分の扶養控除申告書を提出すると年末調整をしてもらえることになりますので、会社より還付金が支給される可能性はあります。
ただし、年末調整をしたからといって必ず還付になるものではありません。

乙欄の方は、確定申告が必要です。会社より乙欄で集計された源泉徴収票をもらって、税務署で申告をしてください。