割増賃金の算入について　実費弁償の費用？

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早速のお答えありがとうございます！
手当は毎月1,000円ですので、本人の工具準備の補助になる程度です。手計算給与では確かに注意が必要ですね！

スッキリしました。

実費弁済の費用であれば、監督されても説明できるようにしておく必要があります。毎月千円とのことですが、千円の根拠が必要です。納得されるような根拠であれば時間外単価の計算外とされてもいいのではないでしょうか。しかし、実費弁済とのことですから、その場合は税務上経費参入できる根拠が別途必要になるのではと思われます。

アドバイスありがとうございます！
工具手当の1,000円について、実際に工具の持ち込みをしている従業員からきちんと聴取して、年間にかかる費用>1,000円/月といった資料を何かしら備えつけると根拠が成り立ちますね！
早速準備して備えつけておきます。