定期代の過払いの返還について

> はじめて投稿させていただきます。
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> 弊社では最近運用が変わり、従来の１ヶ月分から３ヶ月分の定期代を支給することになりました。
> この３か月分が給与支給日に支給され、定期券を購入後にコピーを提出してもらうことにしておりますが、コピーの提出期限が来る前に退職が決定した従業員がおり、定期券のコピーの提出を求めることができません。
> 定期券をすでに購入している場合には払い戻しで処理するつもりですが、購入していない場合には、いくらを過払いとして処理すればよいでしょうか？
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> 賃金計算期間　１日～末日
> 給与支給日　　末日締め翌月25日払い
> 退職日　　　　３ヶ月定期代の支給の翌月末日
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> 以下の２つは私なりに考えた案ですが、いずれで処理するのが適法and妥当なのかわかりません。
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> （１）定期代も給与の一部なので、賃金計算期間に従って処理するべき。
> したがって、末日で退職する場合は、１日～末日分を利用したことになり、ちょうど２ヶ月分が過払いになる。
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> （２）定期代は実費支給なので、実際の日数に応じて処理する。
> したがって、25日に３ヶ月分の定期代が支給され翌月末日の退職の場合は、３か月分－（１か月分＋５日分？）が過払いになる。
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> 定期代の過払いは、具体的にいくらになるでしょうか？
> また、過払い分を給与で精算することは可能でしょうか？
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> 皆様の智恵をお借りできればと思います。
> どうぞよろしくお願いします。

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前職金融関係に所属しており、やはり転勤などにより、通勤手当の戻しなどの処理を行っておりました。

　通勤手当は、6ヶ月分全額を交付し、転勤移動日には、交通機関への買取請求を行っていただき、経理部署への返金を求めておりました。
交通機関では、その戻し方法が決められていますので、それでの対応としています。
定期券などを購入しない方については、日割り計算での返金を求めておりました。（本人に承認を求めています。）
転勤、退職時の通勤手当返金について、通勤手当規則内に、表記することが必要と思います。

　通勤定期代ですが、1ヶ月、3ヶ月、6ヶ月をみますとやはり長期について割安設定となっていますので、アルバイトパートについては3ヶ月、社員については6ヶ月交付としています。

アドバイスありがとうございます。

やはり規程を設けることが必要なんですね・・

今回は、日割で処理しようと思います。