代表取締役社長の不正による辞任

会社の代表者が変わろうが、株主が変わろうが、会社の債務は変わりません。
会社もしくは連帯保証人が返済します。

今後も会社は存続するとのことなので、私的整理を行うことになるでしょう。
実際の返済方法については、債権者等と話し合い決めることになります。


私見ですが……
会社の事業内容にもよりますが、下手に会社を引き継ぐよりも、新会社を起こして、事業継承するほうが代表取締役の関与もなくなり、すっきりするように思います。