取引先の適格請求書に不備があった場合

> 適格請求書の要件はそれなりに複雑なようで、取引先からの適格請求書に不備があった場合、消費税の相殺処理が無効と判定されてしまう場合もあるのでしょうか？
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> 間違いを指摘しても、取引先の理解力や事務的な工程の変更が是正されなかった場合
> こちらから教える、というのも時間と労力（そもそもお門違い）の無駄になりますよね


こんばんは。
まだ稼働していないものについては何とも言えません。
稼働してから色々な不備等について税務署からなんらかの通知が出るように思いますのでそれまで待ってみてはどうでしょうか。
まだ来年の話ですしね。
とりあえず。

厳密にいうなら、適格請求書の要件を満たしていないものでは仕入税額控除はできない、ということにはなります。
実際にどこまで要求されるかは運用次第、ということになるでしょうか。

間違いを指摘して是正がされない場合、仕入税額控除が受けられないことを加味してもそこと付き合いを続けるのかを判断する必要も出てくるでしょう。