年末調整の所得控除が多い場合

こんにちは、みゆぼんさん。

　さて、ご質問に対する回答に入る前に確認しておきたいのですが、「フリーでお仕事されている方で、当社ではアルバイト扱いで給与」とのこと。
　ということであれば、御社が主たる給与支払者なのでしょうか？。
　つまり、そもそも御社が年末調整するのか、というよりも『年末調整をできるのか』が問題になるのです。

　また、その方は御社に“扶養控除申告書”を提出されているのでしょうか？。
　初心者とのことなので念のために申しておきますが、扶養控除申告書を提出した人が年末調整計算の対象者です。
　つまり、それを提出していない人は、年末調整をしてはいけないのです。

　よって、以下の回答につきましては、御社が主たる給与支払者（年末調整計算を行う人）であり、かつ、そのフリーの方が“扶養控除申告書”を提出していることを大前提としてお答えすることとします。

Ｑ１．こういう場合、当社では年末調整対象外にして、源泉徴収票を渡すほうがよいのでしょうか？
Ａ．いわゆる年税額が０円であったとしても、計算対象であり、また、源泉徴収票がそれであっても何ら問題はありません。計算（結果）どおりの源泉徴収票を交付してください。

Ｑ２．当社で年末調整することで、その方が確定申告される際に、損をするのでは？
Ａ．損をするとかしないではありません。
　確定申告は、全ての収入に対して税金の再計算をするものであり、年末調整（給与収入）で見た目上の損（という表現には正直抵抗がありますけど…）も、全体の収入で再計算すると元に戻る、つまり、還付される可能性があります。
　あまり、見た目上のことを気にすることはなく、税務署より交付される『年末調整のしかた』冊子に基づいて、“機械的”に計算されることをお勧めします。

Ｑ３．保険控除がない人でも、申請用紙は記入してもらう必要がありますか？
Ａ．時々拝見するご質問ですね。
　結論から言いますと、『必要ない』になります。
　しかし、会社によっては申告自体の有無を確認するために、有無にかかわらず提出させている会社があります。実は、弊社がそのうちの１社ですけど。
　最終的には、御社次第ですね。

以上

たまりんさんへ

とてもわかりやすく、かつ丁寧な回答をしていただき
ありがとうございます！！！

たまりんさんが大前提とおっしゃる通り、扶養控除申告書
を提出してもらっています。扶養控除申告書を提出して
もらっているから、甲欄で源泉税を計算できるのであり
もし提出しないのであれば、乙欄で計算しなければ
いけないのですよね。

損をするという表現は、行き届かず・・・すみません。
少しでも、社員さんのためになる実務処理を！
と思うばかりの知識不足で・・・。
「これで大丈夫」と確認できる上司がいないもので
不安要素が払拭され、本当に助かりました。
ネットのプラス点を感じられて、感動です（笑）

いろいろと知識を増やして、がんばりたいと思います。