裁量労働制について

> 私の会社は、一部の部署の方が裁量労働制社員なのですが、裁量労働制社員は深夜残業の手当てはつけなければいけないのでしょうか？？
> それとも会社と社員の間で協定を結べばつけなくても良いのでしょうか？
>
> ネットでも調べたのですがいまいちわかりません。教えて下さい。

裁量労働制は、あくまでも“労働時間”をみなす制度であって、
割増賃金を支払わなくてもいいという制度ではありません。
たとえば、みなし労働時間が8時間の場合に9時間勤務しても時間外割増は発生しませんが、
これは時間外割増を支払わなくてもいいという意味ではなく、
8時間労働とみなしているために割増賃金が発生しないというだけにすぎません。
したがって、たとえ裁量労働制であっても、
みなし労働時間が9時間であれば、1時間分の時間外割増は支払う必要があります。
そして、深夜労働や休日労働についても同様のことが言えます。
割増賃金を支払わなくてもいいという意味のものではないのですから、
深夜労働や休日労働が発生すれば、その時間分の割増賃金は支払う必要があります。
ただし、所定労働日の時間外労働が深夜に及んだ場合、
その時間分の給与と時間外割増賃金は、裁量労働制であることによって発生しませんので、
深夜割増賃金分（25％）だけ支払えばOKです。

注意していただきたいのは、給与に一定額の固定残業代を含んでいる場合です。
この場合、支払うべき割増賃金が固定残業代の額内に収まっていれば、
別途支払う必要はありません。
固定残業代の額を上回った場合は、その上回った分を支給する必要があります。