未公開株の株式譲渡

> 上場、店頭公開を目指している会社が、株式の譲渡制限が登記されている状態で取締役会の承認を得て譲渡を行なうのは違法ですか？

違法ではありません（下記・会社法を参照）。
ちなみに、譲渡制限は、上場前に定款変更すればよいです。
（上場審査申請の直前だったと思いますが、記憶があいまいなので、引受証券会社に確認するとよいです）

参考まで。

PS
JASDAQも証券取引所になったので、店頭公開ではなく上場と言います。
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会社法・第139条
株式会社が第136条又は第137条第1項の承認をするか否かの決定をするには、株主総会（取締役会設置会社にあっては、取締役会）の決議によらなければならない。ただし、定款に別段の定めがある場合は、この限りでない。