雇用保険料率を誤って設定し、保険料を徴収していました。

返金をされても問題ありません。
返金されるのは21年度の給与支払いになりますので、本年の年末調整に反映されます。

> 返金をされても問題ありません。
> 返金されるのは21年度の給与支払いになりますので、本年の年末調整に反映されます。

早速のご回答まことにありがとうございました。
質問文に細かい条件をきちんと書いていませんでしたので、よろしければ下記の条件の場合の対処をご教授いただきたく再度ご質問させていただきます。
上記の返金は過去２年間分の返金すべき差額を直近の給与支払日で返金し、今年の年末調整の時に社会保険料の額をその分減額するというやり方でよろしいのでしょうか？（要は３年トータルで正しい社会保険料となる、というような感じですか？）
また乙欄扱いで年末調整の対象でない者もいるのですが、今年に返金した分を社会保険料から減額した源泉徴収票を発行して後は確定申告してもらうというやり方でよろしいでしょうか。
あと、すでに退職した者もいるのですが、この場合はどのように取り扱えばよろしいのでしょうか？
細かい内容で大変恐縮ですが、よろしくお願い致します。

> 雇用保険料率が平成１９年４月から個人負担が8/1000から6/1000に変更されていたのに、給与計算ソフトの設定が正しくなされていなかったため、現在まで２年間社員から多く保険料を徴収していました。
> 単純に多く調子していた分を社員に返金してもいいのでしょうか。遡って訂正ということになれば、年末調整や確定申告の社会保険料控除額にも影響があるように思います。
> 出来るだけ社員に迷惑のかからない方法で対処したいを思います。良きアドバイスをお願い致します。

こんにちわ。
雇用保険の返金以外に、平成19年及び20年についての年末調整が誤っているということになりますよね。
平成19年及び20年についての修正申告（確定申告）も必要に思います。

ついでに、平成21ねん４月より保険料率が変更になりますので、あわせて注意して下さい。

> 上記の返金は過去２年間分の返金すべき差額を直近の給与支払日で返金し、今年の年末調整の時に社会保険料の額をその分減額するというやり方でよろしいのでしょうか？（要は３年トータルで正しい社会保険料となる、というような感じですか？）

・それでいいのではないでしょうか。

> また乙欄扱いで年末調整の対象でない者もいるのですが、今年に返金した分を社会保険料から減額した源泉徴収票を発行して後は確定申告してもらうというやり方でよろしいでしょうか。

・それでご本人に任されたれいいと思います。

> あと、すでに退職した者もいるのですが、この場合はどのように取り扱えばよろしいのでしょうか？

・退職した人の雇用保険料を計算し、そこからその年度の源泉税10％か5％を控除した残高を郵便の小口為替で支払われたらどうでしょうか。源泉税は御社で処理し納付します。