約定書と通知書どちらが有効？

> 取引先と保証金の約定書を結び
> 毎期末に、利息を含めた金額を通知していました。
>
> 取引がなくなり、保証金を返却することになったのですが
> 約定書の金利と、通知していた金利が違うことが発覚！
> （約定書は固定でしたが、通知は変動(基準金利)で計算）
> もちろん、通知書には社判も押して提出していました。
>
> この場合、当初の約定書が優先されるのか
> それとも、通知してしまった方が有効か
> 法律に明るくないものですから、頭を悩ませています。
>
> どうか、ご教示お願い致します。

文面からみますと、
①「約定書」・・・契約を双方で取決め、約束事を定め、それを文書にしたもの。
②「通知書」・・・約定書の定めに従い、処理をした結果を片方からもう一方へお知らせしたもの。

よって、表面的には、「通知書」はあくまでも、「約定書」の付随的なものに過ぎず、「約定書」が基本契約となると思います。

但し、これはあくまで書面での話であって、固定金利の約定を交わした後に、当事者同士で変動にしましょうと決めて、単に契約変更書を交わさなかったケースもあります。この場合はお互いが契約変更を合意しているわけで、契約書が無くても、変動金利となります。

よって、まず、この事実を上司、あるいは、当初契約をした部署に伝え、どうなのかを確認するところから始めたらいかがでしょうか？