非常勤従事者の内部講師謝金

あくまで、非常勤勤務者への給与計算ですが、非常勤勤務表により、時間給、勤務時間に応じた計算方法を取られているケースが多いと思います。
ご質問の勤務形態と考えますと、講師謝礼金として支払いが一番だとも考えます。
日常、頻繁に発生するともなる場合には、非常勤雇用契約に、適時、一般参加者集合の集会時間を設ける場合があることその時間に対する講師料（時間給）などの規則を決めておくことも必要でしょう。

大学等では、非常勤講師等の場合も先生方の職務権限（資格等）に応じた時間給計算を為さっています。

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> 小さなＮＰＯの経理をしています。
>
> 行政より業務委託を受け、施設を運営しております。
> 常勤者はおらず、シフトを組み非常勤（パート的に）で勤務しております。
>
> その施設において、勤務のない日に講師として一般参加者向けに講習をお願いしました。
> その時の謝金は時給とは別に支払う予定です。
> １回５０００円程度。
>
> この場合、給与とは別に、講師謝金として10％を差し引いて支払をするべきでしょうか。
> それとも、何か手当てのような項目を設け、給与と一緒に支払うべきでしょうか。
>
> 初めての給与として支払をしているので、わからないことばかりです。
> どうぞご教授お願い致します。

「①非常勤講師の方が勤務日以外での講師について、NPO非常勤職員としての労働と考える」または、「②一個人としての講師依頼を受けたと考える」の２通りあるかと思います。

①だと、既にご回答ありますように時間給を計算して実際の講師をしていただいた時間で給与としてお支払する。当然、毎月の給与にその分をﾌﾟﾗｽするだけで税金面は給与と同じく処理すれば足りると思います。

②だと、年間の支払見込み額がわかりませんが、その講師（非常勤）の方が個人事業主などでなければ、特に税金などを差し引く必要はないかと思います。但し、雑所得になるでしょうから、年間２０万円以上になると確定申告してもらう必要でてきます。
税理士など、個人事業主として講師を引き受けられるのであれば、謝礼から１０％の源泉分を控除してお支払することになると思います。