傷病休職について

会社の経理・総務を担当しています。
現在、社員が脳内出血で入院中です。今は有休消化をしています。長期入院になりそうなので、傷病休職扱いとなるのですが、手続の一般的な事がよく知らないので教えて下さい。
１.４/１２より入院
　有休３８日消化　この場合６/８まで有休消化
　６/９より欠勤扱いで良いのでしょうか？

２．就業規則には業務外の傷病により暦日２ヶ月を越えて
　　欠勤した時に休職を命ずるとあるのですが
　　６/９から休職と考えてよいのでしょうか？
　　暦日２ヶ月を超えてとはどう有意味でしょうか？
　　会社の給与支払締め日は２０日締め　２５日支払です。


３.傷病休職期間は６ヶ月とあります。　
　期間は６/９～１８０日間計算すればよいのでしょうか

４.傷病休職に際し、傷病手当金を支給しないと
　　いけないのですが、手続はいつ頃行うべきでしょうか

５．給与から天引きしている、厚生年金・健康保険･住民税
　　生命保険の天引きは会社が立替えておき、
　　本人の傷病手当から差引く形で良いでしょうか？

６．会社として本人に記入してもらう書類は
　　休職願・医師の診断書等だけでよいのでしょうか？

傷病休職の手続･実務をされている方がおられましたら
何でもいいので教えて下さい。