弊社は御社とほぼ同じくらいの規模です。
(共通で勤怠管理している同フロアの子会社を含めて100人弱)
弊社では、タイムカード(ICカードでの打刻)とPCからの申請等が連動している勤怠ソフトを使用しています。
PC上で申請をしてそれが承認されると、自動的にタイムカードに反映されますので、
御社のような統合の手間はありませんね。
年次有給休暇使用時の残日数なども自動で反映されます。
このようなタイムカードと申請等が連動するソフトがいくつかあると思いますから、
導入を検討してみてはいかがでしょうか?
ちなみに、弊社で利用しているソフトはこちら↓になります。
費用もそれほど莫大ではないですよ。
100人で計算すると、
月額で、端末1台500円+1人あたり400円×100人=40500円(税抜)、かな?
あ、決して回し者ではありません(笑
【参考】
http://www.yorozuya-ikka.info/