学会などの懇談会費は、夕食手当てで相殺される

pitcさん
御社の出張（手当）規定の中に宿泊出張時は夕食手当を支給する。と規定されていれば従業員の所得となりこの時点で源泉されます。その後の処理は従業員の意志です。
強要する事は出来ないと思います。
しっかりと領収書が発生しているならば、金額にもよりますが、参加した時は会議費・交際費（課税）不参加の場合は諸会費（非課税）など仕訳する事が宜しいかと。

ご参考になれば、添付しておきますが、通常では旅費交通費支給規則での細部にわたってなさることが多いと思いますが。学会等出席される場合、宿泊先、宿泊時の飲食費なども合計で支払いことも多いと思います。
やはり、含むか否かでの規則を求めておかれることが必要でしょう。
お話では、専門家の方等の勉強会、研修会のようですので、出席の際の状況で決めることが必要でしょう。

国立行政法人の学会等への出席の時の規則とを述べられています。

国立情報学研究所Ｈｐ
http://www.nii.ac.jp/hrd/ja/ryohi.html