住宅ローン借り換え後の年末調整について

> 当方事業所の経理担当です。
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> 昨年平成１１年に住宅を購入し、平成２１年に住宅ローンに借り換えをした従業員の方がいます。
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> 借り換えによる新たな借入金が、借り換え前の借入残高を超えていたので
> 新借入金残高×旧借入金残高／新借入金
> 上記の計算式で計算した金額を控除対象となる借入金の年末残高として計算し、年末調整時に本社に提出しました。
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> しかし、ふと源泉徴収表を見たところ、記載されていたのは新借入金残高で計算されたものでした。
> 本社に確認したところ、当時の責任者が退職しよく分からないとの返事でした。
> 担当してた人は在職中ですが、『責任者が言ったので…。』との事で、解決しませんでした。
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> そこで質問です。
> ○当方が計算に使った式は間違いだったのでしょうか？
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> ○上記計算式で間違いない場合、どのように対応したらいいのでしょうか？

こんにちは。
本年の住宅借入金等の年末残高×借り換え直前の当初住宅借入金等残高／借り換えによる新たな住宅借入金等の当初金額(スヌーピーマニアさんと同じ）です。間違っておりません。

一度税務署に確認された方が良いと思います。会社の間違いですから、会社が年末調整の再計算をする必要が生じる可能性もあります。また、住民税にも影響が出ます。市区町村の市民税課に確認を取られた方が良いと思います。