出向者への資格取得補助について

> いつも参考にさせていただいております。
> 今回ご相談したいのは課税所得として支給する助成金についてです。
>
> わが社には福利厚生の一環として資格取得制度というものがあり、一定の資格を取得した場合に取得助成金が支払われます。
>
> この助成金について、昨年の税務調査において、業務に直接的な関連が認められない場合は課税所得に該当するので所得税を控除すべきと指導されたため、給与に加算して支払う方式にしています。
>
> 今回、当社に出向してきている者から資格取得助成の申請がありました。
> 出向者の給与等は出向元が本人に支給しており、当社は出向元と協議して決定した出向負担金を出向元に支払っているので当社で源泉はできません。
> 出向者を対象から除く旨の規定が無いので、助成金の支給をしなければなりませんが、このような場合、どのように支払うのがよいのでしょうか？
>
> 今、思いつくのは以下の２案なのですが、ご意見を頂けると助かります。
>
> 【案１】扶養控除申告書の提出が無い乙欄適用者として支給し、確定申告してもらう
>
> 【案２】出向元に助成金分を上乗せして支払い、しゅっこうもとから課税所得として支払ってもらう

出向元から給料を支給されているということは、出向元の処遇に準ずる訳ですから、出向した際の特例として出向元が受け入れるかどうかが大きな問題と思います。
出向していない人は資格を取っても助成金が支払われないかもしれない。（そこは書かれていないので、分かりませんが）その差をどう理屈づけるかが、出向元には必要です。
金額を負担すれば済む話ではないような気がします。

１、先ず貴社（出向先）と出向元で相談して
２、先に書いた問題がクリアになれば、上乗せして支払うが良いと思います。

案①は、資格取得助成金との関連が私にはわかりません。