おはようございます。
私も実務面から返答させていただきます。
結論から言うと、両方とも今月の給与で調整いたします。
理由は、年末調整前に退職される可能性があるためです。
所得税の納付に関してですが、本来は気がついた時点で調整しなければなりません。
しかし、その還付手続きに対して税務署職員が手続きをする手間(人件費=税金)がかかるので、合理的とは考えられません。また、年末調整前に退職した場合、確定申告を行わなければ、還付されないので本人の不利益になる可能性も考えられます。
よって金額が少額の場合は、速やかに調整しています。