従業員の配偶者の収入について

詳細が分かりませんが、参考までに記載してみます。

１）所得税
　従業員さんの給与に対する所得税はこの１２月で配偶者控除を適用せずに年末調整を行い、その結果、不足分が発生すると思いますので、給与から徴収することとなります。

２）社会保険
　これについては、当初から扶養に入れない状況であれば、社会保険事務所または組合にご相談ください。ただ、扶養家族の変更があっても社会保険料の金額は変更ないと思います。

以上、分かる範囲で。

詳細が不明なので、概略になります。

年収が400万円といっても、どのような収入かによって所得額は違ってきます。配偶者控除あるいは配偶者特別控除の対象から外れるかどうかは、単に年収400万円だけでは判断できませんから、年収400万円の内容を確認すべきです。
それにしても、1月時点で配偶者である妻の年収見込が判明していなかったのでしょうか。首をかしげたくなります。

所得税の配偶者控除あるいは配偶者特別控除と社会保険料（健康保険料のこと？）などは関係がありませんから、その点は気にする必要はありません。

ところで、その奥さんは社会保険（健康保険のこと？）の被扶養者になっているのでしょう？
もしも被扶養者になっているが、年収から判断すると1月時点ですでに被扶養者に該当しない認定されると少々厄介なことになるかもしれません。
1月から今日まで保険証を使っていて、1月に遡って被扶養者の認定取消しとなると、保険者が医療機関に支払った70％の保険者負担分の全額を請求される可能性があります。
請求され支払った70％分は、他の保険者へ請求できますが、本来この奥さんがどの健康保険制度に加入すべきであったのかに依って請求先が変わってきます。
この場合の、加入すべきであった保険制度の判断にも年収の内訳が大きく係ってきますから、冒頭の年収内訳が重要になります。