退職者に発行する源泉徴収票について

厳密には年末調整後のものが正しいものなので、それを提出するのが正しいです。

システム仕様も年末調整後のものが出てくるのが正しい仕様でしょう。

手書きで訂正印を押して正しいものにすればよろしいかと思います。

個人的所感ですが、所得証明用ということであれば実務的にあとからそれが正しいものかどうかチェックされることがあれば問題になりますが、そうでない場合はスルーされるケースが多いのではないかと思います。

回答になりましたでしょうか？

ありがとうございます。
大変参考になりました。
こちらでも、仕様をいろいろ確認したところ、退職者の区分から外すと、過去分でも、年末調整後の源泉徴収票が発行できる（つまり、在籍者はできる）ようでした。

なぜ退職者がそのままでは発行できないのかが課題ですが、とりあえずは問題は回避できそうです。