年末調整により還付金

> 　途中入社の社員、たとえば11月ごろに当社に入社して来た社員に年末調整によって発生した還付金の金額が当社が預かっている金額を超えた場合、誰から途中入社の社員に還付金の支払いが行われるのですか？
> 　会社でしょうか？
> 　税務署に申請して税務署からでしょうか？

源泉徴収税については、毎月の給与支給時において各個人(給与所得者本人）が、ある一定の枠ごとに計算された仮の税額を前払いという形で、一度会社に預け、会社が各個人に代位して税務署に納めています。
年末調整時に、○扶・○保の申告書を各従業員に提出(税額決定に必要な控除額決定資料ですね）してもらい、年間所得に応じた税額決定をしたうえで還付額、徴収額が決まるのは税金の前払い的な性格が源泉徴収制度にあるからです。（住民税はこれとは正反対な性格です。ex.18年度所得決定後、19年5月ごろ18年度の住民税額決定通知が送付され6月から翌年5月にかけて分割納付）

※年末調整とは、本来は全国民が確定申告によって税額決定、納付をするものですが、これでは確定申告期間に税務署が申告者で溢れてしまいどうにもならないため、特別徴収制度・年末調整制度を設け各法人にて所属する従業員の簡易的な確定申告を出来るようにしたものです。

> 　多分会社からなのだろうとおもうのですが、その場合会社は翌年の１月２月・・・と社員からは預り金を預かるが、税務署へは前払いがあるので、前払い分が償却されるまで収めないということで会社が去年の年末に社員に預かった以上の額の還付金を支払った費用を償却していくっていう感じかな？
>
会社が税務署（国）に代位して各従業員に還付した金額は当然返してもらわなければなりません。ここで、納付書を見ていただければ分かりますが、徴収額と還付額を相殺した金額を当月各従業員から預った金額と相殺して納付税額が発生すれば納付、0円納付となれば納付書(申告書）を税務署に郵送することとなります。この際、納付書の備考欄？には控除し切れなかった還付税額を記載しなければなりません。この記載額が0円になるまで毎月の納付書にて相殺控除していくことになります。

拙い説明で申し訳ありません…専門家ではないので誤りがあるかもしれませんが…。