勤怠管理

残業代を固定で支給していても、実際に働いた時間を記載しないといけないと思います。
固定で支給されている残業代には根拠（例：30時間ｘ2,000円＝残業代60,000円）があると思います。
また、残業しても定時の記載であれば、出勤簿の意味が無いですよね。
ので、実際の労働時間を出勤簿に記載しないといけないと思います。

現在、手書きや、エクセルで手入力されているのではないでしょうか、
ICカード等で打刻するなどした方がよろしいかと思います。
弊社で採用しているのですが、初期費用無料で非常に安価運用できています。
http://www.ic-tr.jp/web/
サポートも無料で、非常に丁寧でした。

残業代を固定で支給していても、法定を上回る割増賃金を支払ったことを検証してもらえるよう、実労働時間の把握、明記は必須です。隠ぺいしているとみなされても、反論できないでしょう。