従業員の奥様が出産した場合

医療費控除ではないでしょうか？
医療費控除であれば、従業員さんに確定申告してもらうので、会社側が処理するものではありません。

> お世話になります。
>
> ※奥様は他社で働いているため社会保険加入
> ※従業員はお子さんを扶養に入れる予定。
>
> 従業員の奥様（他社の社員）が出産しました。
> 奥さんの出産一時金（助成金）などは奥様の方で手続きをしているのですが、
> 難産だったため助成金より多く費用が掛かったようです。
> その為、助成金以上に掛った費用分は当社で手続きをしたいと連絡があったのですが、どのような手続きがあるのか？調べてもよくわかりませんでした。
> 従業員からは奥様からあなたの方が給与が高いのでそうしたいとも言っていた様です。
>
> 当社で出来る事はあるのでしょうか？
>
> ご教授下さい。