障害者控除について

扶養控除申告書にのっっとて処理されたらいかがでしょうか？

扶養控除申告書は名称の通り、本人の「申告書」ですので、申告したものをこちらで勝手に変更することはできません。
記入されている内容を確認し、記入漏れ、記入間違いがなければ、申告書どおりに対応してみてはいかがでしょう。

年末調整に入るころ、再確認し記入しなおしてもらうか、新しく書き直してもらうか、、、どちらでも良いと思います。そして正確な申告によって年末調整を行えば、ミスは防げると思います。

私見ですが、、、
扶養人数が増えれば、月々の給与から引かれる所得税も少なくなります。が途中から扶養人数が減った場合、増えたままにしておくと、年末調整で、源泉税不足で徴収となれば、もらえるものと思っている従業員にとっては士気が下がるのではないでしょうか。
そんなことだけで扶養の人数の調整をするのは変なものですが、月々はちょっと多く引かれていても、年末に思っていた以上に還付されれば、人の気持ちですから少しうれしいような得したような感じになりませんか？（実際は同じですけどね）