運送業を営む社長の車両借上。

その賃料が税務上会社の経費として認められるかどうかが主たるポイントでしょう。
不当な利益を与えたかどうかもありますが、税務上否認された場合には、役員報酬とされるため、今の段階では考え過ぎずとも良いと思います。
業務として社長以外の人も使う（例えば客先移動も含め）場合とか、社長用の業務用車両として使うものであれば、賃貸借契約書を結んで適正な賃料を支払えば良いと思います。
社長から会社が買取るという方法もありますが、買ったばかりの車で、多少評価が難しいかも知れませんね。
税務の専門家ではありませんが、ご参考まで。



> 砕石等の運搬業を営む会社の社長が、このたび軽トラックを個人で購入しました。
> 砕石等の運搬には、もちろんダンプを使っています。
> この軽トラックの使用目的は、砕石の運搬以外になるかと・・・
> この軽トラックを社長から借上げようかと思っていました。
> 月々の賃料を支払って。
> 商法に触れてしまうでしょうか？
> 個人ではなく、会社の資産にすればいいのでしょうか？