休職者の控除と支給

給与支払に関しては、御社の就業規則等に規定されていますので、そちらを確認しながら行ってください。ここで回答したことが御社で正しいとは限りません。
あなたの上司（社長）には必ず確認してください。前任者のマニュアル等があればそれも確認してください。あなた個人の意思で計算してはいけません。就業規則に反して計算を行うと大変なことになります。

通常の計算方法だと1の方法になるのですよね。
それであれば、特例計算をつくらず、通常の計算方法で行うほうが良いでしょう。

長期欠勤者や月の大半を休んだ人の計算だけ別計算するのも大変だと思いますが、、あとで、あの時控除した、しないと悩むより、、原則のみの計算のほうが管理しやすいと思いますが。管理だけの問題ではないですが、先に書いたように、上司に必ず確認してください。


> 今後休職に入り無給になる予定の社員がおります
> 9/21まで出勤および有休、9/22から欠勤となる場合
> （1日分だけ給与が発生する場合）


1.10月給与（9/21～10/20基本給+8/21～9/20勤怠）は通常通り支給
> 　11月給与（10/21～11/20基本給+9/21～10/20勤怠）で
> 　11月の基本給を支給する際に出勤した1日分以外を控除をする
>
> 2.10月もほぼ出勤していないのだから、
> 　10月給与（9/21～10/20基本給+8/21～9/20勤怠）での基本給も出勤した1日分のみ支給し
> 　11月給与では前月に1日分を支給しているので控除等は行わない
>
> 3.その他
>
> 上記のどちらになるのでしょうか？
> 1がいいのだろうかとも思うのですが
> そもそも出勤していない月に対して（その翌月に控除するとは言え）
> 差し引くのもおかしいと考えてしまいます。
>
> よろしくおねがいいたします。