年末調整　交通費について

> 従業員給与の計算をする際に交通費を含めた額で税額を算出して支給してしまいました。
> 1月～12月分までこの計算で支給済みの場合、年末調整ではどのような処理をすれば良いでしょうか？

交通費はすべてが非課税ではありません。その確認をしてください。
非課税分が確定したら、1月~12月分までの非課税合計額を、給与賞与総支給額から控除して、年末調整をしてください。

1ヶ月の通勤費12000円のうち、非課税額6000円だったとすると、1年間で72000円。。。
給与、賞与総支給額（交通費込み）が3,500,000円として、72000円を控除した額、3,428,000円が給与課税総額となります。