まずは、年金事務所に相談しましょう。
既に届出提出済みだと思いますので、訂正するには、新しく書き直す必要があります。
取り下げる場合も、必要書類の添付が必要になる場合も有ります。
第3号被保険者(被扶養配偶者)の判断は、第2号被保険者(本人)の収入により生計を維持することの認定は、健康保険法等における被扶養者の認定の取扱いを勘案して年金機構が行う。。。こととされています。
組合で被扶養者に該当しないとなれば、第3号にも該当しない扱いをすることになりますが、組合が年金事務所へどのように連絡するかは、組合ごと異なりますので、直接年金事務所へ相談されるのが良いでしょう。