新たに就業規則・社内規定を作った場合

就業規則を作成する場合には、使用者は事業場の過半数代表の意見を聴取しなければなりませんので、暗黙の了解ではいけないと考えます。
さらに周知を徹底することになります。
就業規則にない条項については、暗黙の了解でなく、法律によって解釈されることになります。



> 新たに就業規則・社内規定を作った場合、すでに既成事実となっているが規定にはまらないものは、そのまま既成事実として暗黙の承認をすればいいのでしょうか？それともその時点で
> 承認の起案をあげてもらうべきなのでしょうか？

Webのキーワードに「やさしい労務管理の手引き」と入力して下さい。そこに事業主向けに厚生労働省がわかりやすく書いた労働関係法の解説があります。２８ページ余のボリュームがありますが、網羅的に書いています。