退職願の宛先は雇用契約を交わしてしる会社の社長宛で良いと思います。
退職を申し出たのに返事か無い。そして、後任者を探しているということは、後任者が決まって、業務の引継ぎが済んでから退職して欲しいので、返事が遅れている(ハッキリとした退職日を決めたくない)という気持ちが会社側にあると思います。
こういう場合は、退職日が徐々に先延ばしになってしまう場合があると思うので、労使 お互いに気をつけた方が良いと思いますよ。
あーさんが7月末で退社したいなら、7月末付けの退職願を出して、改めて話し合い、退職日を決めておいたほうが良いと思います。もう出しても良いと思います。