株主総会をせずに自社株にした

貴社が株式譲渡に関してどのように規定されているかによって対応が異なります。

「当会社の株式を譲渡により取得するには、当会社の承認を要する」
と規定していた場合で、貴社が取締役会設置会社である場合は、「当会社の承認」とは取締役会の承認なので、貴社では株買取の際に取締役会を開いて決議したとのことなので、正規の手続きは経ている状態になり、株主総会に賛否をかける必要はありません。ただし、この文面のような規定をしている非公開会社はほぼゼロだと思います。

通常の非公開会社は「当社の株式を譲渡により取得するには、株主総会の承認を要する」と規定します。
この場合は、「株主の承認」が必要となるため、取締役会の承認だけでは手続が不完全です。
今回の事例は、他の株主の利益（今後の配当や権利など）に影響を及ぼす可能性がある議案なので、株主総会も特別決議事項とする必要があり、発行株式の過半数を超える賛成に加えて、総会出席者の3分の2以上の賛成や貴社株を33.4%以上保有する株主からの拒否権発動がないことが必要です。

この手続きを経ていない株式の譲渡は違法状態です。
しかし、株式の譲渡自体は無効ではありません。

もっとも、裁判では株式譲渡を無効とする判決は多くないようで、たとえ手続が違法でも重大な法令・定款の違反でなければ譲渡自体は有効であるとしてるようです。
ただし、他の株主から強く異を唱えられて係争となった場合は株式の譲渡の無効判決が出る可能性は高いと思います。

以上より、今回の解決策としては、
たとえ貴社の社長や今回の株式譲渡に関わった人が持つ株数が過半数を超えていたとしても、手続き前にバックデートして臨時株主総会を開催したようなでっち上げはだめです。

なるべく早い段階で株主総会を開催し、特別決議事項として今回の株式譲渡に関する代表取締役からの謝罪と改めての決議をして、違法状態を解消するのがよろしいかと思います。

この際に、決議に反対する株主が出る可能性があれば、実際の株式譲渡から株主総会までの間に、株式譲渡の議事を得なかったために株主が不利益を被ったことが客観的証拠をもって証明できる場合は損失を補填すると添えるのもありかと思います。（多分、不利益は出ていないはずですし、証拠を示して異を唱えることはできないと思いますので、面倒な株主がいるなら対策となると思います）

ご相談は非公開会社の株式譲渡でなく、自社株取得がその内容。税理士という専門家がいながらアドバイスがなかったのでしょうか。ケース別にシナリオが幾通りかあるのですが、株主総会を開かなくてはならないケースですね。

株主平等の原則がありますから、問題とする株主が現れたらどういう事態に発展するかわかりません。商事にあかるい弁護士さんと緊密に連携されてことにあたるしかないでしょう。