住民税の納付額が補助元帳と合いません

住民税の特別徴収については、概算で計算するものではないので、差額が生じるというのは考えにくいです。
なので、差額の原因は1つ1つ確認していくしかありません。

・仕訳のミスはないか。勘定科目違いはないか。
・従業員から徴収している金額に誤りはないか。
・自治体に納付する額と徴収している額に差はないか。
・普通徴収になっているのに、誤って控除している人はいないか。
・退職者はいないか
etc

自分でも、住民税の納付は今まで補助元帳と相違がなかったので、まぁ、まちがいないであろうと確認をしたら差額がありました。

退職者は5月31日に1名いますが、この度、12月に納付する住民税は6月～11月分の納付なので関係がないと思っていますが、ちがいますでしょうか？

関係あるかどうかはご自身でご確認ください。
住民税に関して、退職の手続きがまにあっておらず、納付対象者として算入されている可能性はあります。

まずは差額について、納付すべき金額と預り金とで、どちらのほうが多い状態なのか確認してください。

そして、納付金額と対象者についてよくご確認ください。

こんにちは

横から失礼します。

> 退職者は5月31日に1名いますが、この度、12月に納付する住民税は6月～11月分の納付なので関係がないと思っていますが、ちがいますでしょうか？

5月31日退職ですと、異動届をいつ出したかにもよりますが
5月に特別徴収税額通知書と納付書が届いた後、
6月下旬か7月上旬に変更の通知書が届いていないでしょうか。

自治体によって
変更の通知書と一緒に新しい納付書も送ってくれるところと
変更の通知書のみで納付書の金額は自分で訂正しなければならないところがあります。

うみのこさんも書かれているように
ひとりひとりの金額を6月から確認する必要があると思います。