会社請求の宅配便を私的に利用した

私見です。

会社が提出を求めている書類ではなく、本人が記入してほしい書類なので、おっしゃる通り本人都合の書類だと考えます。

厳密に言えば、業務上横領となるでしょうが、どこまで話を大きくするかは会社次第ですね。

その方の就業場所と、証明書を記入する事業所とが離れているのであれば、両者を結ぶ定期便などがあるのであれば、そこに入れることを求めるのは1つの方法かと思います。
一方、特に決まった書類のやりとりのルールがないのであれば、これを機に整備されるのもよいかもしれません。

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