事業譲渡した場合の年末調整について

> 事業譲渡に伴い、全員が10月末で一度退職しました。11/1より新会社となり、社名・住所に変更はなく（法人番号は変わります）、全員が今までと同じ雇用条件で再雇用となりました。年末調整を行うのですが、従業員の1/3が甲計算となっており、旧会社の給与分は前職分に入力する方法で問題ないとおもうのですが、2/3の乙計算されている方々については、どのようにしたら良いのかと、、、。
> 提出する給与支払報告書については、旧会社分と新会社分と分けて出すよう市役所に言われました。そうすると、50万円以上の方については、源泉徴収票を税務署へ提出するので、そちらも旧会社・新会社分けて提出するのでしょうか？また、法定調書合計表なども、旧会社・新会社分けるのでしょうか？旧会社分・新会社分それぞれでは50万円以下でも、足すと50万円超える方もおります。どなたかご教示下さい。


こんばんは。私見ですが…
甲欄控除者は前職扱いで年調になります。
乙欄控除者は元々年調対象ではありませんので旧社名で源泉票発行で終わります。
確定申告をしてもらいましょう。
譲渡元会社と譲渡先会社は別会社ですからそれぞれに法定調書が必要です。
源泉票もそれぞれで判断します。
譲渡元会社でも譲渡先会社でも乙欄控除者は年調対象ではありませんので年調未済で源泉票発行で終わります。
譲渡元会社と譲渡先会社と併せて確定申告になります。
後はご判断ください。
とりあえず。

早速の回答、ありがとうございます。
では、合計表も新旧の2枚作成して提出ですね。大変にありがとうございました。