長期病欠について

> 弊社では、月給制のため欠勤しても給与は控除いたしません。但し、長期病欠の場合、健康保険組合から傷病手当金が支給されるためその期間は給与を支給していません。
> そこで、起算日なのですが、欠勤を始めた日からなのか、通常ですと医師の診断書に基づく日と思いますが、医師の診断書となると提出が遅ければ遅いほど本人に有利になります。会社で起算日は「欠勤した日から」といった具合にルールを決めてもいいのでしょうか？

政府の傷病手当金の起算日は健康保険法で決められていますので同様に組合で決められているのではないでしょうか