一つの事務所に二つの団体が登記について

私見です。

>①一般社団法人で賃借料及び公益費を支払ないのは、法的にはよろしいのでしょうか？
事務所の賃借料等の支払いがない場合、税務上、賃借料等の相当分が寄附として扱われる場合があります。

>②一つの事務所で二つの法人がある場合、仕切りなどの区分けが必要なのでしょうか？
かならずしも仕切りが必要というわけではないですが、区分けされている方が望ましいでしょう。

>③負担していただくためには、業務負担比率算定基準はありますか？
法的な決まりはありません。
人数比、専有面積比などでの按分が一般的かと思います。
人員が完全に同じなら、それぞれの想定作業時間での按分も考えられます。
合理的であると思われる方法ならかまいません。