傷病手当について

> ◆会社を早退・欠勤を繰り返しつつ出勤していた期間があり、その後、病名がついて休職に入りました。
> 待期期間のスタートは、会社を休み始めた時から、申請してもいいのですか。

医師が労務不能だったと認めてくれるなら、休み始めた当初から申請可能です。
ただし、待期期間は連続した3日間でなくてはならないため、
2日休んで1日出勤して、また2日休んで・・・というような状態だった場合は、その期間は待期期間は完成しません。
連続した3日間以上の欠勤になった時点からの申請（もちろん医師の証明が必要）となります。

> ◆体調が回復して復帰したい時、しばらくは、週１～２日くらいからリハビリ勤務にして、徐々に時間を増やして完全復帰にしたいのですが、リハビリ勤務の期間は、休んだ日の分の傷病手当は支給されるのでしょうか。

会社に在籍中であれば、いったん支給が停止しても、
再度同じ傷病で労務不能となれば、再び受給することができます。
したがって、医師が労務不能であると証明してくれるなら、
復帰後に休んだ日の分の傷病手当金も受給できるはずです。
（医師が労務可能と診断していて、本人の意思で勤務日数を減らしているようなケースでは無理です）
その際、最初に傷病手当金を受給した日から1年半が限度となります。